Els òrgans col·legiats de direcció d’AFEDECO són:
El seu òrgan sobirà, es reuneix almenys una vegada cada any, durant el primer trimestre natural, per sotmetre a la consideració dels socis i, si escau, a l'aprovació, les gestions que s'han realitzat al llarg d'aquest període. També es procedeix a la liquidació dels pressupostos de l'exercici econòmic anterior i es presenta un projecte de pressupostos per a l'exercici present. Finalment el President presenta una programació d'activitats que es té previst desenvolupar dins d'aquesta anualitat, sense perjudici de totes aquelles que no han pogut preveure's i que de segur s'aniran presentant al llarg de l'any.
Com a òrgan col·legiat en el qual participen els presidents i/o representants de cadascuna de les Associacions federades. I que es reuneix almenys una vegada cada dos mesos. En la Junta de Govern es consideren i, si escau, s'aproven, les gestions que s'han realitzat des de l'anterior de les Juntes de Govern. També de forma periòdica es presenten en aquest òrgan de decisió els resums comptables de la federació així com aquells assumptes que s'han presentat prèviament en Secretària per les Associacions.
És l'òrgan col·legiat integrat per les persones que el President presento davant l'Assemblea General, bé dins de la seva pròpia candidatura o bé d'una altra o unes altres que finalment també es van incorporar i van rebre la aquiescència de l'Assemblea General. Durant el procés electoral general.
El funcionament de tots els òrgans col·legiats de la Federació obeeix a les més estrictes normes d'actuació democràtica, en funció dels seus Estatuts Socials, i en compliment dels acords que vàlidament hagin estat acordats per cadascun dels seus òrgans col·legiats.
L'adopció dels acords es realitza segons l'òrgan pertinent de conformitat al previst en aquesta norma estatutària.
A mitjans l’any 2013 AFEDECO va ser una de les organitzacions impulsores i fundadores de la Confederació Balear de Comerç, que es constituïa per ser l'interlocutor social i polític del comerç de la nostra Comunitat Autònoma. A més de la nostra Federació també s'han incorporat PIMECO, per Mallorca, Ascome-Pime Menorca, Pimeef, d'Eivissa i Formentera.
AFEDECO, així mateix forma part i és propietària juntament amb altres socis del mitjà de pagament per excel·lència de la targeta Compra Fàcil que gestiona de manera eficaç l'entitat financera Sa Nostra.
Dins de les estructures empresarials AFEDECO ha estat soci fundador de la Confederació d'Associacions Empresarials de Balears (CAEB) formant part activa d'aquesta Confederació des dels seus orígens i contant en aquests moments entre els seus màxims representants amb Pau Bellinfante qui ostenta el càrrec de Vicepresident d’aquesta Confederació.